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情報科学研究科は，「組織的教育」の実現のため精密な教育課程を作り上げています．手厚い指導体制と受講者の便宜，精密なスケジュール，厳しくも密度の濃い講義などを通して，従来の日本の大学院教育を大きく変革しつつ，優れた修了生を送り出しています．日本で JAIST が初めて採り入れた制度やシステムで，全国の大学院に波及したものは多くあります．以下に特徴をいくつか挙げておきます．
1. 学期を 2 ヵ月単位として，各科目週 2 回の講義を集中的に行い，短期間に高度なレベルに到達できるようになっています．
2. 重要な科目 ( 十数科目 ) については 2 つの学期で開講し，受講者の便宜を図ってあります．
3. 講義は午前中だけに行い，午後は「オフィスアワー」で教員が学生の質問等に対応します．
また，web 講義では講義室に出かけて行かなくても 24 時間いつでも受講でき，講義資料やコンテンツ，講師の講義画像などが学内のネットワーク経由で
各自の端末から見ることができます．
4. 複数分野の学識（自然科学，情報科学，社会科学）を修得するようなシステムです．
5. 情報処理学専攻，情報システム学専攻は互いに他の専攻の講義も同等に受講できます．（ 授業科目については両専攻の学生の間で実質的相違はありません．)
6. 複数のテーマ（主テーマと副テーマ）について研究を行い，広い研究経験を得るシステムを採っています．
7. 「研究計画提案（リサーチプロポーザル）制度」により研究計画段階で十分な検討をした後，主テーマの研究を実行します．
8. 学生 1 人につき 3 人の教員が指導する「複数教員指導制」を採っています．
9. 出身学部，学科，学部卒業後の経歴などの違いによる基礎知識の差を埋めるために「導入講義」を設けてあります．
10. 優れた研究業績を挙げた者については，在学期間を，博士前期課程の 2 年を 1 年に，博士後期課程の 3 年を
2 年または 1 年に，それぞれ短縮を可能にしています．
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