To run your job on our compute server, job script file including job setup information is required.

Job Script

Job Script contains "scheduler option (qsub option) " part, and  "command" part.

• qsub option part： The line head is written as "＃PBS”.
• command part： execute the command in assigned shell.

Job Script　：　For MPI program

#!/bin/csh　　　　　　　　　　　　　　　　　　←  Preferred shell
#PBS -q SINGLE　　　　　　　　　　　　　　←  Queue type
#PBS -oe 　　　　　　　　　　　　　　　　　　← Log file setting for joining error output and standard output into single log file.
#PBS -l select=2:mpiprocs=6  　← Resource Setting （ This is the setting for 12 MPI processes ） 
#PBS -N my-job　　　　　　　　　　　　　　← Name of your Job

setenv OMP_NUM_THREADS 1       ← Threads number for OpenMP. DON't omit this line and set the parameter as 1 if the program require to run as pure MPI.
setenv KMP_AFFINITY disabled

cd ${PBS_O_WORKDIR} 　　　　　　　

mpiexec_mpt -np 12 dplace -s1 ./a.out 　　　　　　 

Sample script is available in the following directory on UV3000.
Please use the resources after coping to your work directory.

uv: /work/Samples

Following is the sample of job resource setting．

MPI Only

- 2 vNodes (12CPU Cores , 256GB Mem)

-l select=2:mpiprocs=6

- 16 vNodes, (96CPU Cores , 2TB Mem)

-l select=16:mpiprocs=6

OpenMP

- 1 vNode (6 CPU Cores , 128GB Mem)

-l ncpus=6

- 8 vNode (48 CPU Cores , 1TB Mem)

-l ncpus=48 << (NON-MPI job only) script can assign the resource size by only ncpus parameter.

Hybrid

- 32 vNodes (192 CPU Cores , 4TB Mem) , 1Nodes per 3Process and 3x2 threads.

-l select=32:ncpus=2:mpiprocs=3

vNode resource table

1 vnode includes ( cpu corex6+  memoryx128GB)．

<メモリサイズ指定時の単位について>:
mem=256gbのように，mb,gbを単位として記載することもできますが，
1mb=1024kbで計算されるため，予定の容量より多くのリソースを取得することになります．
この結果，以下に示すvnodeの個数を想定より多く必要とすることになり，ジョブの実行待ちが長くなるなどの影響があります

※　Starving(96 hours) + backfill