ジョブスクリプト例

ジョブスクリプトはジョブスケジューラに渡すオプション(qsubオプション)部分とコマンド実行部分から構成されます.

• qsubオプション部分：行の先頭に"＃PBS”を記述します.　同じオプションをジョブ投入時に付加することもできます.
• それ以外の部分：シェルで実行されるコマンドとして扱われます.
• 各種サンプルスクリプト等はログイン後，/Samples以下からコピーしてご利用ください．

ジョブスクリプト例　：　

MPIプログラム（コンパイル済）を実行する

#!/bin/csh　　　　　　　　　　　　　　　　　　← 普段利用しているシェルを指定
#PBS -q SINGLE　　　　　　　　　　　　　　← 投入先のキューの指定
#PBS -oe 　　　　　　　　　　　　　　　　　　← 標準出力，標準エラー出力を一ファイルに出力
#PBS -l select=1:ncpus=16:mpiprocs=16  　← 必要なリソース指定（この例では、MPI プロセス16並列）
#PBS -M mail-address(at)jaist.ac.jp -m be   ← ジョブ終了時，開始時にそれぞれメールで通知
#PBS -N my-job　　　　　　　　　　　　　　← 投入するジョブ名の指定

cd ${PBS_O_WORKDIR} 　　　      　　　　← 作業ディレクトリに移動

mpiexec_mpt dplace -s1 ./hello_mpi.exe　　　           　← コンパイル済みの実行ファイルを実行

ジョブスクリプトのサンプル

各種ジョブスクリプトのサンプルは以下です．

• MPI
• OpenMP
• Hybrid(MPI+OpenMP)
• MaterialsStudio

ログイン後，以下にPBSスクリプトのサンプルを置いていますので手元にコピーしてご利用ください．

lmpcc:/Samples

利用するリソースをチャンク(chunk)としてカウントします．

PBSで以下のようにリソースを指定すると，デフォルトでは(１チャンク16CPUCore x2) =(2 CPU)を確保します.

#PBS -l select=2:ncpus=16

以下のようにリソースを指定した場合も確保されるCPU数は同じです.

#PBS -l select=1:ncpus=32

上記の違いは,主にMPIを利用する場合などに有効になります.

以下の例では, 2CPU(32Core)を用いて1CPUにつき8本ずつMPIプロセスを起動します.

#PBS -l select=2:ncpus=16:mpiprocs=8

これに対し,以下の例では2CPU(32Core)を確保しますが全16本のMPIプロセスは2CPUに均等に分散されるとは限りません.

#PBS -l select=1:ncpus=32:mpiprocs=16

1CPU (16CPU Core, 384GBメモリ), 0.25ノードを利用した16並列のMPIジョブ

#PBS -N mpi
#PBS -j oe
#PBS -l select=1:ncpus=16:mpiprocs=16
#PBS -l place=pack
#PBS -q SINGLE

cd ${PBS_O_WORKDIR}
export OMP_NUM_THREADS=1

mpiexec_mpt dplace -s1 ./hello_mpi_uv.exe

2CPU (32CPU Core, 768GBメモリ), 0.5ノード使用するがMPI並列数は16本のみ

#!/bin/csh
#PBS -l select=2:ncpus=16:mpiprocs=8
#PBS -j oe
#PBS -N MPI-job

cd $PBS_O_WORKDIR

mpiexec_mpt dplace -s1 ./hello_mpi.exe

0.25CPU (16CPU Core 384GB Mem)を利用した16並列のOpenMPジョブ

#!/bin/csh
#PBS -l select=1:ncpus=16
#PBS -j oe
#PBS -N OpenMP-job

cd $PBS_O_WORKDIR
setenv OMP_NUM_THREADS 16
setenv KMP_AFFINITY disabled

dplace ./a.out

2CPU ("16CPU Core 384GB Mem" x2)  を利用し, 1CPUごとに4(MPI)プロセスx４(OpenMP)スレッド

#!/bin/bash
#PBS -l select=2:ncpus=16:mpiprocs=4　　　<-- 1CPUにつきMPI4プロセス
#PBS -j oe
#PBS -N hybrid-job

cd $PBS_O_WORKDIR

export OMP_NUM_THREADS=4    <-- 1プロセスにつき4スレッド

mpiexec_mpt  omplace -nt ${OMP_NUM_THREADS} ./hello_hyb.exe　<-- 実行

1CPU内の8Coreを利用した8並列のDmol3ジョブ

#!/bin/csh
#PBS -l select=1
#PBS -j oe
#PBS -N DMOL3

cd $PBS_O_WORKDIR
setenv PATH ${PATH}:/work/opt/lm/BIOVIA/MaterialsStudio21.1/etc/DMol3/bin

RunDMol3.sh -np 8 test  <--　(1chunk=8Core以下の数値(並列数)を指定してください．)