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ジョブ投入

PCクラスタはジョブスケジューラによって管理されています.
基本的なジョブの確認,投入方法は大型計算機利用マニュアルをご参照ください.

ジョブスクリプトの作成

コンパイル済みの実行ファイルをバッチジョブとして実行するには,ジョブスケジューラに渡すジョブスクリプトが必要です.

ジョブスクリプト

以下のページをご参照ください.


また,pccログイン後,以下にサンプルファイルがあります.自分のディレクトリにコピーしてからご利用ください.

pcc: /work/Samples

ジョブの投入

・作成したジョブスクリプトを以下のようにジョブスケジューラに投入します.

% qsub -q <キュークラス名> <ジョブスクリプト>


・ジョブの開始/終了時にメール通知をしたい場合は以下のようにジョブを投入します.

% qsub -q <キュー名> -M <mail address> -m be <ジョブスクリプト名>

 -M <メールのあて先>
 -m be  [b -> begin(ジョブ開始) , e -> end(ジョブ終了)]

 

・ジョブ削除を削除したい場合は以下のよう行います.
なお、ジョブの所有者以外は実行できません.

% qdel <Job id>

 

 

キュークラス

シングルノード向け:

クラス ノード数 チャンク数 コア数 実行時間 同時実行ジョブ数 同時実行ジョブ数/1ユーザ 優先度
TINY 1node 1~4 ~32core 30min 24job 1 1
SINGLE 1node 1~4 ~32core 1week 90job 16job 2
LONG 1node 1~4 ~32core 3week 12job 3job 2

GPU:

クラス ノード数 GPU数 GPU 実行時間 同時実行ジョブ数 同時実行ジョブ数/1ユーザ 優先度
GPU-1 0.5node 1 Tesla P100 3day 16job 3job 1
GPU-S 1node 1-2 Tesla P100 2day 16job 1job 2
GPU-L 2-8node 3-16 Tesla P100 1day 2job 1job 2


Materials Studio専用:

クラス ノード数 チャンク数 コア数 実行時間 同時実行ジョブ数 同時実行ジョブ数/1ユーザ 優先度
MatStudio 0.25node 1 ~8core 1week 20job 20job 1
MS_Dmol3 0.25node 1 ~8core 1week 40job - 1
MS_castep 0.25node 1 ~8core 1week 20job - 1
MS_Forcite 1node 1-4 ~32core 1week 1job 1job 1
MS_Compass 1node 1-4 ~32core 1week 1job 1job 1
MS_Amorphous 1node 1-4 ~32core 1week 1job 1job 1
MS_Dftbplus 1node 1-4 ~32core 1week 1job 1job 1
  • MatStudioキューのみMaterials Studio Gatewayユーザ専用キューとなります.
  • その他のキューに投入されたジョブは,各ライセンスが利用可能になるまで実行を待機します.

マルチノード向け:

  • 通常,MPIを利用しない場合はジョブのマルチノード化はできません
    (ジョブは正常に開始しますが,実際の計算はシングルノード内のみで実行されます)
クラス ノード数 チャンク数 コア数 実行時間 同時実行ジョブ数 同時実行ジョブ数/1ユーザ 優先度
SMALL 2node 5~8 ~64core 3day 16job 4job 2
MEDIUM 3-8node 9~32 ~256core 12hour 4job 2job 2
LARGE 9-16node 33~64 ~512core 12hour 2job 1job 3

申請キュー:

クラス ノード数 チャンク数 コア数 実行時間 同時実行ジョブ数 同時実行ジョブ数/1ユーザ 優先度
LONG-L ~node - - (申請ベース) - - -