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ジョブスクリプト例

ジョブスクリプト

ジョブスクリプトはジョブスケジューラに渡すオプション(qsubオプション)部分とコマンド実行部分から構成されます.

  • qsubオプション部分:行の先頭に"#PBS”を記述します. 同じオプションをジョブ投入時に付加することもできます.
  • それ以外の部分:シェルで実行されるコマンドとして扱われます.
  • 各種サンプルスクリプト等はログイン後,/work/Samples以下からコピーしてご利用ください.

ジョブスクリプト例 : 

MPIプログラム(コンパイル済)を実行する

#!/bin/csh                  ← 普段利用しているシェルを指定
#PBS -q SINGLE              ← 投入先のキューの指定
#PBS -oe                   ← 標準出力,標準エラー出力を一ファイルに出力
#PBS -l select=1:mpiprocs=8   ← 必要なリソース指定(この例では、MPI プロセス8並列) 
#PBS -N my-job              ← 投入するジョブ名の指定

cd ${PBS_O_WORKDIR}        ← 作業ディレクトリに移動

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 8 ./hello_mpi               ← コンパイル済みの実行ファイルを実行

ジョブスクリプトのサンプル

各種ジョブスクリプトのサンプルは以下です.

このほかpccログイン後,以下にPBSスクリプトのサンプルを置いていますので手元にコピーしてご利用ください.

pcc:/work/Samples

リソース指定例

利用するリソースをチャンク(chunk)としてカウントします.

本システムのデフォルトのチャンクサイズは以下です.

1 Chunk:
0.5 CPU (8 CPU Core/ncpus= 8 ) + 16GBメモリ

PBSで以下のようにリソースを指定すると,デフォルトでは2チャンク16CPU Core を取得します.

#PBS -l select=2

以下のようにリソースを指定した場合,チャンクサイズが変わります.この例では16CPU Coreを1チャンクとして2チャンク,全32CPU Coreを取得します.

#PBS -l select=2:ncpus=16

MPIジョブ

1CPU (16CPU Core, 32GBメモリ), 0.5ノードを利用した16並列のMPIジョブ

#!/bin/csh
#PBS -l select=2:npus=8:mpiprocs=8
#PBS -j oe
#PBS -N MPI-job

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 8 ./hello_mpi

2CPU (32CPU Core, 64GBメモリ), 1ノード分 使用するがMPI並列数は16本のみ

#!/bin/csh
#PBS -l select=4:ncpus=8:mpiprocs=4
#PBS -j oe
#PBS -N MPI-job

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 4 ./hello_mpi

OpenMPジョブ

0.5CPU (8CPU Core)を利用した8並列のOpenMPジョブ

#!/bin/csh
#PBS -l select=1
#PBS -j oe
#PBS -N OpenMP-job

cd $PBS_O_WORKDIR
setenv OMP_NUM_THREADS 8

./a.out

Hybrid(MPI+OpenMP)ジョブ

2CPU (32CPU Core) を利用し, 8Coreごとに2(MPI)プロセスx4(OpenMP)スレッド

#!/bin/bash
#PBS -l select=4:ncpus=8:mpiprocs=2   <-- 1CPUにつき2プロセス
#PBS -j oe
#PBS -N hybrid-job

cd $PBS_O_WORKDIR

export OMP_NUM_THREADS=4    <-- 1プロセスにつき4スレッド

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 2 ./hello_hyb <-- 2プロセス生成

2CPU (32CPU Core) を利用し, 1プロセスにつき4スレッドx4 

#!/bin/bash
#PBS -l select=4:mpiprocs=2   <-- 2CPU, 1CPUにつき2プロセス ( = 全8プロセス )
#PBS -j oe
#PBS -N hybrid-job

cd $PBS_O_WORKDIR

export OMP_NUM_THREADS=4    <-- 1プロセスにつき4スレッド

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 4 ./hello_hyb <-- 4プロセス生成

Materials Studioジョブ

1CPU内の8Coreを利用した8並列のDmol3ジョブ

#!/bin/csh
#PBS -l select=1
#PBS -j oe
#PBS -N DMOL3

cd $PBS_O_WORKDIR
setenv PATH ${PATH}:/work/opt/Accelrys/MaterialsStudioX.X/etc/DMol3/bin

RunDMol3.sh -np 8 test  <-- (1chunk=8Core以下の数値(並列数)を指定してください.)