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ライセンス

学内ユーザ向けに以下のネットワークライセンスをご用意しています.

DMOL3 Morecular

64FL

DMOL3 SolidState

32FL

DMOL3 Interface

1FL

CASTEP

32FL

CASTEP Interface

1FL

VAMP

32FL

VAMP Interface

1FL

Discover(Forcite)

1FL

Compass

1FL

Amorphous Cell

1FL

DFTB+

1FL

Reflex

1FL

  Blends 1FL

Visualizer

61FL

 

○ライセンスは全学共用です.
特にVisualiserはアプリケーション起動によってライセンスが消費されますので,
必要のない間はアプリケーションを終了し,ライセンスを返却して下さい.

計算サーバを利用する: Visualizer

Visualizerを利用してPC クラスタシステム  CX250 Cluster (pcc: Matstudioキュー)に計算ジョブを投入することができます.

# 注意:計算ジョブ実行終了までVisualizerとPCクラスタを接続状態にしておく必要があります.途中でネットワークが切れる,端末がスリープになるなどで接続が切れた場合は,正常に結果が得られない場合がありますので,ご注意ください.

機器メンテナンス等のため,計算機が一時的に停止することがあります.メンテナンス情報は当Webサイトトップページのニュース欄をご覧頂くか,MPCグループへの加入をご検討ください.

Visualizerは本学のWindows 仮想デスクトップ から利用するほか, ご自分のPCにインストールして利用することもできます.下記[個人PCで利用する]をお読み下さい.

 

Visualizer設定

1. Visualizerを起動し,サーバコンソールを開きます.

  画面上部のメニューからTools -> Server Consoleを選択してください.
  Server Console ウィンドウが開いたら,Server Gatewayを選択し,右クリック->新規作成を選びます.

 

2. サーバコンソールにPCクラスタを追加します.

  手元のパソコンにインストールしたMaterials Studioのバージョンに応じて以下のように設定してください.

   URL:
       pcc.jaist.ac.jp
   Port Number:
    18888 (MS Ver8.0)
           18889 (MS Ver2018)
           18890 (MS Ver2017)
           18989 (MS Ver2018: Dmol, CASTEP不可,32Coreまで利用可能)
          
18990 (MS Ver2017: Dmol, CASTEP不可,32Coreまで利用可能)

3. 3.ここまでで設定は完了です.
以下の方法で,実際に計算を行う際のジョブ投入先をPCクラスタに変更できるようになります.

通常の計算同様に,画面上部のメニューから,Modules -> dmol3 -> Calculation を選択します.
Job Controlのタブを選択し,Gateway Locationにhpccを選択してください.

・始めはCore数を1~2程度にしてお試しください.

・キューの設定は以下をご利用いただけます.

   キュー:

       Matstudio  (Materials Studio一般)
       MS_Forcite  (Forcite)
       MS_Compass (Compass)
       MS_Amorphous (Amorphous Cell)
       MS_dftbplus (DFTB+)

計算サーバを利用する:スタンドアロンスクリプト

PCクラスタシステム (ホスト名: pcc, )にインストールされているdmol3などの実行ファイルを直接利用して,並列かつ高速に計算させることができます.

スクリプト (pcc)#
Dmol3: /work/opt/Accelrys/MaterialsStudioX.X/etc/DMol3/bin/RunDMol3.sh,
Castep: /work/opt/Accelrys/MaterialsStudioX.X/etc/CASTEP/bin/RunCASTEP.sh,
DFTB+: /work/opt/Accelrys/MaterialsStudioX.X/etc/DFTB/bin/RunDFTB.sh
(X.Xに当たるバージョンは 5.5, 6.0, 6.1, 7.0, 8.0, 17.1をご用意しています)

利用例(:dmol3)

0. 入力ファイル群を準備する

計算に利用する入力ファイルを事前に作成して下さい.

1. PCクラスタにログインする

% ssh pcc -l xxxxx (ユーザ名)

2. ご自身のホームディレクトリに移動し,入力ファイルをコピーする

% cd /home/xxxxx(ユーザ名)/MS

* 初回利用時は作業ディレクトリがありません.以下のようにディレクトリを作成してください.
% mkdir /home/xxxxx(ユーザ名)/MS(任意の名称)

* Windowsで作成した入力ファイルを, scpツール等で直接pcc:/home/xxxx/MS にコピーすることもできます.
* h2o.input, h2o.car, など必要な入力ファイルをすべてコピーしてください.


3.  ジョブを投入する

PCクラスタはジョブシステムによって制御されています.
計算する際はPBSスクリプトを作成し,適切なキューにジョブを投入します.
スクリプトとジョブ投入に関するその他の情報はPCクラスタのWebサイトをご参照ください.

% qsub -q SINGLE dmol3.sh <-- PBSスクリプト

7日間以内に終了するジョブの場合はSINGLEキュー, SMALLキューをお勧めします.

#PBSスクリプト作成例 (dmol3.sh)

#!/bin/csh
#PBS -N MStest   <-- ジョブ名
#PBS -l ncpus=1 <-- 1Coreを使って計算します
#PBS -j oe

cd $PBS_O_WORKDIR
setenv PATH ${PATH}:/opt/Accelrys/MaterialsStudioX.X/etc/DMol3/bin
(X.Xにご希望のバージョンを入れてください)
RunDMol3.sh -np 1  h2o  <-- -np オプションの値はncpusと同じにします
                <-- h2o.input, h2o.car, 等のインプットファイル類は事前にご用意ください.

個人PCで利用する

ご自分のPCにMaterials Studioをインストールして利用できます.

・システム要件(Materials Studio2018):

こちらをご覧ください.

 

・インストールについて
Windowsにインストールされる際は,フルインストールをお勧めします.
Visualizerのみのインストールも可能ですが,計算は実行できません.

 

・ライセンスサーバ:
Materials Studioのライセンスサーバは以下です.

lmgr.jaist.ac.jp : 1715

学外等からMaterials Studioを利用する際は,ライセンスサーバにアクセスするため SSL-VPN等で学内環境に接続してください.

ダウンロード(学内限定)

・インストーラ:


以下のサイトからダウンロードしてください.
ソフトウェアダウンロード