MPC Group/並列計算機

Cray XC30

Hostname: xc30.jaist.ac.jp

  • System 360nodes / 5760cpu cores
    • Node Spec
      • Intel Xeon E5-2670 2.6GHz (Sandy-Bridge) 8Cores * 2sockets
      • Memory 64GB
  • Compilar
    • Cray, Intel, GNU
  • Library
    • LibSC(BLAS, LAPACK, BLACS, SCALAPACK, SuperLU), CrayFFT, FFTW, IRT
  • Software
    • OpenMX(under-construction), Quantum-Espresso, Wien2K, SIESTA, VASP
      • /work/appli/を参照
      • VASPに関してはライセンスの制約.使用の際はセンターに連絡
      • OpenMXについては最適なものを構築中

Queue CLASS

CLASSNODE/CORETIMEEXECUTABLE JOBEXECUTABLE JOB/USR
TINY1-4node/1-64/core30minN/AN/A
SMALL4-16node/64-256core48hourN/A6jobs/usr
MEDIUM16-32node/256-512core12hour6job3job/usr
LARGE32-128node/512-2048core12hour2job1job/usr
XLARGE128-356node/2048-5696core12hour1job1job/usr
LONG-S1-8node/1-128core1week4job1job/usr
LONG-M8-32node/128-512core96hour2job1job/usr
LONG-L360nodeapplicationapplicationapplication

Example of Script for PBS

#!/bin/bash
#PBS -q QUEUE CLASS
#PBS -l mppwidth=32
#PBS -l mppnppn=16 
#PBS -l mppdepth=1
cd $PBS_O_WORKDIR
aprun -n 32 -d 1 -N 16 ./a.out
  • mppwidth=number of process of mpi
  • mppnppn= number of process per nodes
  • mppdepth=number of thread <-- when a program is mpi parallel, number of thread equal 1.
  • $PBS_O_WORKDIR <-- work direcotry

Useful Command

CommandDescription
qsub <PBS script>submit a job to PBS batch system
nqstatconfirm the state of job
qdel <PBS script>abort your job

情報科学センターのページ
http://isc-w3.jaist.ac.jp/iscenter/index.php?id=300


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Last-modified: 2013-03-11 (月) 15:23:26 (4067d)