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ログイン・コンパイル

ログイン

接続ホスト名: pcc

% ssh pcc -l <UserID>

環境設定

ログイン時にはデフォルトの開発環境(Intel+IMPI)が設定されています. 利用するコンパイラの変更やライブラリのリンクは必要なモジュールをロードして行います.

1. ロードされているモジュールの一覧表示

% module list

2. 利用可能なモジュールの確認

% module avail

3.モジュールのロード/アンロード

 % module load/unload  <module name>

4.モジュールの入れ替え

 % module swap  <module name before>  <module name after>

ex1: デフォルトのIntel環境から gnu+OpenMPI に置き換える

% module swap PrgEnv_intel PrgEnv_gnu_openmpi

ex2:CUDA環境(GPU用)のロード

% module load cuda

コンパイル

コンパイラ Fortran C C++ 実行コマンド例
GCC g77,gfortran cc g++  
Intel Compiler ifort icc icpc  
PGI Compiler pgf90 pgcc pgCC  
Intel MPI mpiifort mpiicc mpiicpc *1
OpenMPI mpif77, mpif90 mpicc mpicxx  *2
MVAPICH2 mpif77, mpif90 mpicc mpicxx *3

*1 : mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np ${NPROCS}  ./a.out
*2 : mpirun -hostfile ${PBS_NODEFILE} -np ${NPROCS} ./a.out
*3 : mpirun_rsh -hostfile ${PBS_NODEFILE} -np ${NPROCS} ./a.out