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0-2. ログインノードと計算ノード

すべての計算機はログインノードと計算ノードに分かれ,大規模計算に用いられる計算機リソースは計算ノードに搭載されています.

計算ノード

大規模計算用のリソース(CPU, Memory, GPU, など)はすべて計算ノードに搭載されます.基本的に直接ログインすることはできず,ログインノードからジョブスクリプト経由で計算させる必要があります.

ログインノード

計算を行う際,通常は計算ノードに直接ログインすることはありません.
必ずログインノードにログインし,行いたい計算の内容を書いたジョブスクリプトをログインノード上からキューに登録します.
登録されたジョブスクリプトは投入順と優先度に従って計算ノード上で順次実行され,計算結果が返されます.

注意事項

ログインノードには計算に使えるリソース(CPU, Memory, GPUなど)はありません.
誤ってログインノードで計算を実行すると,他のユーザの迷惑となります.
このためログインノードで長時間実行されるプロセスは以下のルールで強制的に削除されます.

ログインノード上のプロセス削除

1. ログインノードで2時間以上動作しているプロセスを,所有者にメールのうえ強制削除する.ただし許可リストに含まれるプロセスは対象外とする.

2. 時間のカウントはCPU時間とする.(リソースを消費しないプロセスの場合は検知対象とならない場合がある)

3. 2016/10月末まで試行期間とする.試行中は自動応答メール送付後,実際のプロセス削除を手動で行うため,削除までのタイムラグが発生する.

4. 2016/3月時点での適用対象機はPCクラスタ (hpcc)

 

 

許可プロセスリスト

コンパイラ
icc
icpc
ifort
gcc
cc
g++
g77
gfortran
pgcc
pgCC
pgf90
pgf77
pgf95
mpiicc
mpiicpc
mpiifort
mpicc
mpicXX
mpicxx
mpif77
mpif90
nvcc
make

エディタ
vi
vim

可視化,データ処理
xcrysden
gview
pvserver
gnuplot
dot