0-2. ログインノードと計算ノード
すべての計算機はログインノードと計算ノードに分かれ,大規模計算に用いられる計算機リソースは計算ノードに搭載されています.
計算ノード
大規模計算用のリソース(CPU, Memory, GPU, など)はすべて計算ノードに搭載されます.基本的に直接ログインすることはできず,ログインノードからジョブスクリプト経由で計算させる必要があります.
ログインノード
計算を行う際,通常は計算ノードに直接ログインすることはありません.
必ずログインノードにログインし,行いたい計算の内容を書いたジョブスクリプトをログインノード上からキューに登録します.
登録されたジョブスクリプトは投入順と優先度に従って計算ノード上で順次実行され,計算結果が返されます.
注意事項
ログインノードには計算に使えるリソース(CPU, Memory, GPUなど)はありません.
誤ってログインノードで計算を実行すると,他のユーザの迷惑となります.
このためログインノードで長時間実行されるプロセスは以下のルールで強制的に削除されます.
ログインノード上のプロセス削除
1. ログインノードで2時間以上動作しているプロセスを,所有者にメールのうえ強制削除する.ただし許可リストに含まれるプロセスは対象外とする.
2. 時間のカウントはCPU時間とする.(リソースを消費しないプロセスの場合は検知対象とならない場合がある)
3. 2016/10月末まで試行期間とする.試行中は自動応答メール送付後,実際のプロセス削除を手動で行うため,削除までのタイムラグが発生する.
4. 2016/3月時点での適用対象機はPCクラスタ (hpcc)
許可プロセスリスト
コンパイラ
icc
icpc
ifort
gcc
cc
g++
g77
gfortran
pgcc
pgCC
pgf90
pgf77
pgf95
mpiicc
mpiicpc
mpiifort
mpicc
mpicXX
mpicxx
mpif77
mpif90
nvcc
make
エディタ
vi
vim
可視化,データ処理
xcrysden
gview
pvserver
gnuplot
dot