ジョブスクリプト例
ジョブスクリプト
ジョブスクリプトはジョブスケジューラに渡すオプション(qsubオプション)部分とコマンド実行部分から構成されます.
- qsubオプション部分:行の先頭に"#PBS”を記述します. 同じオプションをジョブ投入時に付加することもできます.
- それ以外の部分:シェルで実行されるコマンドとして扱われます.
ジョブスクリプト例 :
MPIプログラム(コンパイル済)を実行する
#!/bin/csh ← 普段利用しているシェルを指定
#PBS -q SINGLE ← 投入先のキューの指定
#PBS -oe ← 標準出力,標準エラー出力を一ファイルに出力
#PBS -l select=2:mpiprocs=6 ← 必要なリソース指定(この例では、MPI プロセス12並列)
#PBS -N my-job ← 投入するジョブ名の指定
cd ${PBS_O_WORKDIR} ← 作業ディレクトリに移動
mpirun -r ssh -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 12 ./hello_mpi ← コンパイル済みの実行ファイルを実行
ジョブスクリプトのサンプル
各種ジョブスクリプトのサンプルは以下です.
このほかpccログイン後,以下にPBSスクリプトのサンプルを置いていますので手元にコピーしてご利用ください.
pcc:/work/Samples
リソース指定例
利用するリソースをチャンク(chunk)としてカウントします.
1 Chunk:
1 CPU (10 CPU Core/ncpus=10) + 32GBメモリ
通常は2チャンクで1ノード,4チャンクで2ノードを利用できます.
MPIジョブ
2CPU (20CPU Core), 1ノードを利用した20並列のMPIジョブ
#!/bin/bash
#PBS -l select=2
#PBS -j oe
#PBS -N MPI-job
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -r ssh -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 20 ./hello_mpi
4CPU (40CPU Core), 2ノードを使用するがMPIプロセス数は10本のみ
#!/bin/bash
#PBS -l select=2
#PBS -j oe
#PBS -N MPI-job
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -r ssh -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 10 ./hello_mpi
OpenMPジョブ
1CPU (10CPU Core)を利用した10並列のOpenMPジョブ
#!/bin/bash
#PBS -l select=1
#PBS -j oe
#PBS -N OpenMP-job
cd $PBS_O_WORKDIR
setenv OMP_NUM_THREADS 10
./a.out
Hybrid(MPI+OpenMP)ジョブ
3CPU (30CPU Core) を利用し, 1CPUにつき1(MPI)プロセスx10(OpenMP)スレッド
#!/bin/bash
#PBS -l select=3:mpiprocs=1 <-- 3CPU, 1CPUにつき1プロセス
#PBS -j oe
#PBS -N hybrid-job
cd $PBS_O_WORKDIR
export OMP_NUM_THREADS=10 <-- 1プロセスにつき10スレッド
mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 3 ./hello_hyb <-- 3プロセス生成
4CPU (40CPU Core) を利用し, 1プロセスx5スレッド
#!/bin/bash
#PBS -l select=4:mpiprocs=2 <-- 4CPU, 1CPUにつき2プロセス ( = 全8プロセス )
#PBS -j oe
#PBS -N hybrid-job
cd $PBS_O_WORKDIR
export OMP_NUM_THREADS=5 <-- 1プロセスにつき5スレッド
mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 8 ./hello_hyb <-- 8プロセス生成
Materials Studioジョブ
1CPU内の8Coreを利用した8並列のDmol3ジョブ
#!/bin/csh
#PBS -l select=1
#PBS -j oe
#PBS -N DMOL3
cd $PBS_O_WORKDIR
setenv PATH ${PATH}:/work/opt/Accelrys/MaterialsStudio6.1/etc/DMol3/bin
RunDMol3.sh -np 8 test <-- (1chunk=10Core以下の数値(並列数)を指定してください.)