ジョブスクリプト例

ジョブスクリプトはジョブスケジューラに渡すオプション(qsubオプション)部分とコマンド実行部分から構成されます.

• qsubオプション部分：行の先頭に"＃PBS”を記述します.　同じオプションをジョブ投入時に付加することもできます.
• それ以外の部分：シェルで実行されるコマンドとして扱われます.
• 各種サンプルスクリプト等はログイン後，/work/Samples以下からコピーしてご利用ください．

ジョブスクリプト例　：　

MPIプログラム（コンパイル済）を実行する

#!/bin/csh　　　　　　　　　　　　　　　　　　← 普段利用しているシェルを指定
#PBS -q SINGLE　　　　　　　　　　　　　　← 投入先のキューの指定
#PBS -oe 　　　　　　　　　　　　　　　　　　← 標準出力，標準エラー出力を一ファイルに出力
#PBS -l select=1:mpiprocs=8  　← 必要なリソース指定（この例では、MPI プロセス8並列） 
#PBS -N my-job　　　　　　　　　　　　　　← 投入するジョブ名の指定

cd ${PBS_O_WORKDIR} 　　　　　　　← 作業ディレクトリに移動

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 8 ./hello_mpi　　　           　← コンパイル済みの実行ファイルを実行

ジョブスクリプトのサンプル

各種ジョブスクリプトのサンプルは以下です．

• MPI
• OpenMP
• Hybrid(MPI+OpenMP)
• MaterialsStudio

このほかpccログイン後，以下にPBSスクリプトのサンプルを置いていますので手元にコピーしてご利用ください．

pcc:/work/Samples

利用するリソースをチャンク(chunk)としてカウントします．

本システムのデフォルトのチャンクサイズは以下です.

1 Chunk:
0.5 CPU (8 CPU Core/ncpus= 8 ) + 16GBメモリ

PBSで以下のようにリソースを指定すると，デフォルトでは2チャンク16CPU Core を取得します.

#PBS -l select=2

以下のようにリソースを指定した場合，チャンクサイズが変わります．この例では16CPU Coreを1チャンクとして2チャンク，全32CPU Coreを取得します.

#PBS -l select=2:ncpus=16

1CPU (16CPU Core, 32GBメモリ), 0.5ノードを利用した16並列のMPIジョブ

#!/bin/csh
#PBS -l select=2:ncpus=8:mpiprocs=8
#PBS -j oe
#PBS -N MPI-job

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 8 ./hello_mpi

2CPU (32CPU Core, 64GBメモリ), 1ノード分 使用するがMPI並列数は16本のみ

#!/bin/csh
#PBS -l select=4:ncpus=8:mpiprocs=4
#PBS -j oe
#PBS -N MPI-job

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 4 ./hello_mpi

0.5CPU (8CPU Core)を利用した8並列のOpenMPジョブ

#!/bin/csh
#PBS -l select=1
#PBS -j oe
#PBS -N OpenMP-job

cd $PBS_O_WORKDIR
setenv OMP_NUM_THREADS 8

./a.out

2CPU (32CPU Core) を利用し, 8Coreごとに2(MPI)プロセスx４(OpenMP)スレッド

#!/bin/bash
#PBS -l select=4:ncpus=8:mpiprocs=2　　　<-- 1CPUにつき2プロセス
#PBS -j oe
#PBS -N hybrid-job

cd $PBS_O_WORKDIR

export OMP_NUM_THREADS=4    <-- 1プロセスにつき4スレッド

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 2 ./hello_hyb　<-- 2プロセス生成

2CPU (32CPU Core) を利用し, 1プロセスにつき4スレッドｘ４　

#!/bin/bash
#PBS -l select=4:mpiprocs=2　　　<-- 2CPU, 1CPUにつき2プロセス ( = 全8プロセス )
#PBS -j oe
#PBS -N hybrid-job

cd $PBS_O_WORKDIR

export OMP_NUM_THREADS=4    <-- 1プロセスにつき4スレッド

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 4 ./hello_hyb　<-- 4プロセス生成

1CPU内の8Coreを利用した8並列のDmol3ジョブ

#!/bin/csh
#PBS -l select=1
#PBS -j oe
#PBS -N DMOL3

cd $PBS_O_WORKDIR
setenv PATH ${PATH}:/work/opt/Accelrys/MaterialsStudioX.X/etc/DMol3/bin

RunDMol3.sh -np 8 test  <--　(1chunk=8Core以下の数値(並列数)を指定してください．)