ジョブスクリプト例

ジョブスクリプトはジョブスケジューラに渡すオプション(qsubオプション)部分とコマンド実行部分から構成されます.

• qsubオプション部分：行の先頭に"＃PBS”を記述します.　同じオプションをジョブ投入時に付加することもできます.
• それ以外の部分：シェルで実行されるコマンドとして扱われます.
• 各種サンプルスクリプト等はログイン後，/work/Samples以下からコピーしてご利用ください．

ジョブスクリプト例　：　

MPIプログラム（コンパイル済）を実行する

#!/bin/csh　　　　　　　　　　　　　　　　　　← 普段利用しているシェルを指定
#PBS -q DEFAULT　　　　　　　　　　　　　　← 投入先のキューの指定
#PBS -oe 　　　　　　　　　　　　　　　　　　← 標準出力，標準エラー出力を一ファイルに出力
#PBS -l select=1:ncpus=16:mpiprocs=16  　← 必要なリソース指定（この例では16CPU, MPI16並列） 
#PBS -N my-job　　　　　　　　　　　　　　← 投入するジョブ名の指定

cd ${PBS_O_WORKDIR} 　　　　　　　← 作業ディレクトリに移動

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 16 ./hello_mpi　　　           　← コンパイル済みの実行ファイルを実行

ジョブスクリプトのサンプル

各種ジョブスクリプトのサンプルは以下です．

• MPI
• OpenMP
• Hybrid(MPI+OpenMP)
• MaterialsStudio

ログイン後，以下にPBSスクリプトのサンプルを置いていますので手元にコピーしてご利用ください．

kagayaki:/Samples

利用するリソースをチャンク(chunk)としてカウントします．

PBSで以下のようにリソースを指定すると，デフォルトでは1チャンク16CPU Core を取得します.
1CPU=64Coreなので，ncpusに指定する数は16の倍数が推奨です.
# 64でも構いませんが，シリアルプログラムの場合は配分されるリソースが過剰になります

#PBS -l select=1:ncpus=16

以下のようにリソースを指定した場合，チャンクサイズが変わります．この例では32CPU Coreを1チャンクとして2チャンク，64CPU Coreを取得します.

#PBS -l select=2:ncpus=32

1/2CPU (32CPU Core, 128GBメモリ), 1/4ノードを利用した32並列のMPIジョブ

#!/bin/csh
#PBS -l select=1:ncpus=32:mpiprocs=32
#PBS -j oe
#PBS -N MPI-job

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 32 ./hello_mpi

2CPU (128CPU Core, 512GBメモリ), 1ノード分使用するがMPI並列数は64本のみ

#!/bin/csh
#PBS -l select=2:ncpus=64:mpiprocs=32
#PBS -j oe
#PBS -N MPI-job

cd $PBS_O_WORKDIR

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 64 ./hello_mpi

1/2CPU (32CPU Core)を利用した32並列のOpenMPジョブ

#!/bin/csh
#PBS -l select=1:ncpus=32
#PBS -j oe
#PBS -N OpenMP-job

cd $PBS_O_WORKDIR
setenv OMP_NUM_THREADS 32

./a.out

1CPU (64CPU Core) を利用し, 16Coreにつき8(MPI)プロセスx2(OpenMP)スレッド

#!/bin/bash
#PBS -l select=4:ncpus=16:mpiprocs=8　　　<-- 16CPU Coreにつき8MPIプロセス
#PBS -j oe
#PBS -N hybrid-job

cd $PBS_O_WORKDIR

export OMP_NUM_THREADS=2    <-- 1プロセスにつき2スレッド

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 32 ./hello_hyb　<-- 32MPIプロセス生成

2CPU (128CPU Core) を利用し, 64Coreにつき32(MPI)プロセスx2(OpenMP)スレッド

#!/bin/bash
#PBS -l select=2:ncpus=64:mpiprocs=32　　　<-- 128CPU, 1CPUにつき32MPIプロセス
#PBS -j oe
#PBS -N hybrid-job

cd $PBS_O_WORKDIR

export OMP_NUM_THREADS=2    <-- 1プロセスにつき2スレッド

mpirun -machinefile ${PBS_NODEFILE} -np 64 ./hello_hyb　<-- 4プロセス生成