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3. GPUを利用する

GPUを搭載したシステムにログインします.
2022.3現在,KAGAYAKIシステムを使用してください.

ssh kagayaki -l <username>

1.インタラクティブ実行

GPUの利用できるキューを用い,必要数のGPUを指定してジョブを投入します.
*キューの詳細は各計算機のページを確認してください*

1-1. ジョブ投入

以下qsub -Iコマンドでインタラクティブジョブを投入したときは,作業後にexitをタイプしてジョブを終了してください

GPU1個:

qsub -q GPU-1 -I -lselect=1:ngpus=1

GPU2個:

qsub -q GPU-S -I -lselect=2:ngpus=1

GPU4個(MPI等,ノード間通信に対応していることが必須です):

qsub -q GPU-L -I -lselect=4:ngpus=1

1-2. 確認

指定した数のGPUが見えていることを確認してみましょう

nvidia-smi

1-3. CUDA

CUDAライブラリを使用する場合はCUDAモジュールを読み込む必要があります.
注意:CUDAモジュールは上記1-1のqsub後にのみ利用できます

module load cuda/11.6

2.バッチ実行

ジョブスクリプトを用いて実行しましょう.
サンプルファイルをコピーしてください.

cp /Samples/GPU/* .

2-1. ジョブスクリプトを用いてジョブ実行してみましょう

qsub PBS_1GPU.sh

2-2. カレントディレクトリに実行結果が出力されているのを確認しましょう

cat nvidia-smi.log