menu

ジョブオプションの指定

ジョブの実行時に,システムから確保するリソースサイズや様々なオプションを指定します.
指定方法は以下の二つです

  1. ジョブスクリプト内に記述する
  2. ジョブ投入時に指定する

ジョブスクリプトに記述する

ジョブスクリプト内に以下の記法で記述します.(1-1. ジョブスクリプト参照)

#PBS -l <リソース> 
#PBS -m be -M XXXX(at)jaist.ac.jp
#PBS -j oe           

 

 

ジョブ投入時に指定する

ジョブ投入に用いるqsubコマンドで以下のように指定します.

qsub -l <リソース> <ジョブスクリプト>
qsub -m be -M xxxxx(at)jaist.ac.jp
qsub -j oe

リソースの設定

リソースは, 計算を実行するために確保するCPUやメモリサイズ,ノードなどを指します.主に"チャンク"で指定します.

"チャンク"はひとまとまりのリソースを指し,
-l select=<数字>:<リソース内容>
のように指定します.

以下のように設定してください.

例:8CPUx2 = 16CPUを確保する
-l select=2:ncpus=8

上記の例では16CPUを確保しています.
ただし機器の空き状況によっては2台の物理ノードから8CPUずつ確保されることがあります.
この場合,実行するプログラム内でMPI等のノード間通信を利用していないと,2台めの物理ノードに確保された8CPUとメモリは利用できません.
16CPUを同じノード内から確保したい場合は以下のようにします.

例2:
-l select=2:ncpus=8
-l place=pack

この場合,16CPUは同じノード内から確保されます.
ただし,16CPUが確保できるようになるまでジョブが実行されないため, はじめの例よりジョブ開始までに時間がかかる可能性があります.
また,ノード内の物理的なCPU数以上の値を設定すると,ジョブはいつまでも実行されません.
(最大CPU数の例: lmpccクラスタノード:64CPU,KAGAYAKI-CPUノード:128CPU)

メールの設定

ジョブの開始,終了時にメールで通知することができます.

-l -m be  [b -> begin(ジョブ開始時通知) , e -> end(ジョブ終了時通知)] 
-l -M <メールのあて先>

ジョブ出力ファイルの設定

ジョブの終了後に,"標準出力ファイル"と"エラー出力ファイル"が生成されます.(出力内容が無い場合は空ファイルです.)
これらを一ファイルにまとめて出力させることができます.

-j oe