ジョブオプションの指定
ジョブの実行時に,システムから確保するリソースサイズや様々なオプションを指定します.
指定方法は以下の二つです
ジョブスクリプトに記述する
ジョブ投入時に指定する
ジョブ投入に用いるqsubコマンドで以下のように指定します.
qsub -l <リソース> <ジョブスクリプト>
qsub -m be -M xxxxx(at)jaist.ac.jp
qsub -j oe
リソースの設定
リソースは, 計算を実行するために確保するCPUやメモリサイズ,ノードなどを指します.主に"チャンク"で指定します.
"チャンク"はひとまとまりのリソースを指し,
-l select=<数字>:<リソース内容>
のように指定します.
以下のように設定してください.
例:8CPUx2 = 16CPUを確保する
-l select=2:ncpus=8
上記の例では16CPUを確保しています.
ただし機器の空き状況によっては2台の物理ノードから8CPUずつ確保されることがあります.
この場合,実行するプログラム内でMPI等のノード間通信を利用していないと,2台めの物理ノードに確保された8CPUとメモリは利用できません.
16CPUを同じノード内から確保したい場合は以下のようにします.
例2:
-l select=2:ncpus=8
-l place=pack
この場合,16CPUは同じノード内から確保されます.
ただし,16CPUが確保できるようになるまでジョブが実行されないため, はじめの例よりジョブ開始までに時間がかかる可能性があります.
また,ノード内の物理的なCPU数以上の値を設定すると,ジョブはいつまでも実行されません.
(最大CPU数の例: lmpccクラスタノード:64CPU,KAGAYAKI-CPUノード:128CPU)
メールの設定
ジョブの開始,終了時にメールで通知することができます.
-l -m be [b -> begin(ジョブ開始時通知) , e -> end(ジョブ終了時通知)]
-l -M <メールのあて先>
ジョブ出力ファイルの設定
ジョブの終了後に,"標準出力ファイル"と"エラー出力ファイル"が生成されます.(出力内容が無い場合は空ファイルです.)
これらを一ファイルにまとめて出力させることができます.
-j oe