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GaussViewからGaussian09を実行する

以下のシステムでは,GaussViewから直接Gaussian09を実行することもできます.
#ログインノードでは実行できません.必ず以下の手順でインタラクティブジョブをサブミットしてから実行してください.

hostname: pcc


1.GaussView起動方法を参照し,pccにログインする

2. インタラクティブジョブをサブミットする

% qsub -IX -lselect=1

計算ノードに直接ログインした状態になります.

# デフォルトでは3日間まで実行可能です.制限時間が来ると,自動的にプロセスが切断されます.長時間利用したい場合はこちらから適切なキューを選択してください.
# ジョブ実行中は必要なリソースを占有することになります.計算が終わったらすべてのウィンドウをクローズし,"exit"コマンドを入力してリソースを解放してください.
正常にリソースが解放されると,プロンプトが以下xの表示(hpcc-XX)からoの表示(hpcc)に戻ります.

x [username@hpcc-060] 10 %
o [username@hpcc] 10 %

3. moduleコマンドで環境設定する

% module load app_g16

4. GaussViewを起動する

% gv

5. Gaussian09実行を並列化する

ジョブのサブミット時にselect=1を指定した場合,10CpuCoreまで利用して計算を並列化できます.
#仕様上,最大でselect=2, 20CPU-Coreとなります.

必要なインプットファイルを作成し,calculate -> Gaussian Calculation Setupを選択します.

Link0タブを開き,Shared Processors の数値を編集します.(select=1の場合は10以上指定しないようにしてください)

その他計算に必要な設定を入れ,画面下からSubmitを入力してください.

6. 終了する

ジョブ実行中は必要なリソースを占有することになります.計算が終わったらすべてのウィンドウをクローズし,"exit"コマンドを入力してリソースを解放してください.
正常にリソースが解放されると,プロンプトがxの表示(hpcc-XX)からoの表示(hpcc)に戻ります.

x [username@hpcc-060] 10 %
o [username@hpcc] 10 %

テキストエディタを変更する

GaussViewでinputファイルを生成する際に利用するテキストエディタは、標準ではviが設定されています。
viを使い慣れていないという方は、xemacsなどに変更されると良いでしょう。
また、GaussViewのEdit機能を利用せずに、直接エディタで編集することも可能です。

  1. GaussViewを起動させます。(起動方法は上記参照)
  2. 「File」メニュー内の「Preferences」を選択します。

左側のメニューから、「Job Setup」を、右側上のApplicationから「File Editor」を選択します。
標準では、右側中央のメニューは「Execute directory using default command line」になっています。
ここを「Execute indirectly through script using default command line」に変更し、OKボタンを押して保存します。